自4月24日以来，许多省市正式开通了来往台湾的电子通行证，并停止了往来台湾的现行通行证。新版的出入证增加了指纹采集环节，未来通过注册自助报关渠道、刷子文件和按指纹完成清关。
往来台湾的电子通行证嵌入非接触式集成电路芯片，其大小与居民身份证相同。 正面打印持票人的个人信息和证件发放管理信息； 背面打印往来台湾的签注信息，由发证机关重复填写.. 新版通行证不再贴贴纸批注.. 申请人未满 16 岁的证明书有效期为 5 年，满 16 岁的申请人有效期为 10 年。
在办理进出台湾的电子通行证时，增加了指纹采集链接，保留指纹信息并符合规定条件的公民可以使用免登记自助清关通道、刷证件和按指纹进行清关。边防检查机构检查后，不再加盖出入境印章，持卡人进出境、签注的使用，由芯片、信息系统记录管理。
目前，这种来往台湾的通行证和贴纸的现行形式可以继续使用，可以继续申请贴纸背书，也可以申请更换进出台湾的电子通行证，但不受证书有效期的限制。